Con más donaciones hechas por su sucesor el duque Rodolfo II, fue nombrada la iglesia principal de Wittenberg por el Papa Bonifacio IX en 1400.
Después en 1502 el Elector Federico III fundó la Universidad de Wittenberg (Leucorea) y recibió la confirmación por el legado papal Raymond Peraudi en 1507, Todos los Santos fue incorporada para servir como capilla a la universidad y rápidamente se convirtió en un importante centro académico y de culto.
Los estudiantes recibieron sus doctorados allí, y el reformador Philipp Melanchthon hizo su famoso discurso inaugural en la iglesia.
Este acto, destinado a promover una disputa sobre la venta de indulgencias, es comúnmente visto como un catalizador para la Reforma Protestante.
Lutero envió sus objeciones en una carta al arzobispo Alberto de Brandeburgo el mismo día.
Durante la Guerra de los Siete Años la ciudad de Wittenberg fue ocupada por el ejército prusiano y bombardeada por las fuerzas imperiales en 1760, la Iglesia del Palacio fue destruida por el incendio causado por el bombardeo.
[5] La propia puerta pesa 2.000 libras (1.000 kg)[8] con los ornamentos modelados por Friedrich Drake.
[4][5][6] El rediseño del interior incluía el actual techo y las pilastras de la bóveda, así como el ábside.
En 1983, 500 años después del nacimiento de Lutero, 12 nuevos vitrales fueron instalados en la iglesia.
[19] Lutero está enterrado bajo el púlpito a 2.4 metros bajo el suelo de la nave.