Data del reinado de los Reyes Católicos, a finales del siglo XV, cuando los vecinos de Carabanchel Bajo decidieron edificar su iglesia en el lugar que hoy ocupa, dedicándola a San Sebastián, mártir romano del siglo III al que se rogaba como protector contra la peste.En el siglo XVII sufrió una profunda remodelación para adecuarla al barroco madrileño.En 1691 se cubrieron las naves con bóvedas que ocultaban el anterior artesonado.Se le añadieron dos capillas laterales con cúpula: la de San José y la del Carmen.Con el incendio se perdieron retablos, tallas, cuadros y el archivo parroquial.
