Fundada por los Reyes Católicos en 1491 (siglo XV) tras la reconquista de Málaga como ciudad cristiana, estaba pensada en un principio como capilla del hospital que ahí se situaría, el Hospital de San Lázaro, destinado en sus inicios a la cura de leprosos.

Hoy en día, tan sólo se conserva la capilla, ya que el resto de las instalaciones sufrieron muchos daños durante las inundaciones del 1628.

En 1948, la iglesia fue restaurada bajo la dirección del arquitecto Enrique Atencia, con la financiación del Gobierno Civil y de la Cofradía del Rocío tras los incendios provocados en la quema de conventos de 1931 y 1936 en la que se perdió prácticamente todo su antiguo y rico pasado.

A ambos laterales de la iglesia encontramos, por un lado: Capilla lateral derecha: En esta capilla se venera la imagen de Nuestro Padre Jesús Nazareno de los Pasos del Monte Calvario, realizada por Antonio Eslava Rubio en 1977.

La iglesia guarda también una imagen de San José, del siglo XVII.