Se encuentra ubicada en pleno barrio de la judería, un rincón del casco antiguo.En el interior el altar mayor estaba presidido por un retablo muy similar a los que dispusieron para las capillas catedralicias los arquitectos Manuel Martín Rodríguez y Gregorio Manuel López, donde figuraban las imágenes de San Juan Bautista y San Juan Evangelista, y se coronaba con un lienzo de la Santa Cena.A la izquierda del altar mayor se abría una amplia capilla cedida en 1695 y reedificada en 1726 por Juan Manuel de Bonilla y Olivares, en ella se ofrecían a la devoción de los fieles a la Congregación del Santo Sepulcro, ocupando el camarín la Virgen de los Dolores.[3] Durante la segunda mitad del siglo XIX se sumió en el olvido, sin apenas consideración hacia sus valores históricos y artísticos.En 1952 fue declarada en ruina, trasladándose el culto al cercano Real Monasterio de Santa Clara.Esta datado en el siglo XVI, de un valor artístico inconmensurable, adjudicado a Sebastián de Solís, formado por Cristo muerto en la cruz, a ambos lados el buen ladrón, San Dimas, y el mal ladrón Gestas, y a sus pies el apóstol San Juan, y que se exponen en el presbiterio del templo junto a María Santísima del Silencio, atribuida a José de Medina, de mitad del siglo XVIII y donada por los condes de Humanes en 1966.En el altar mayor se exponen unas tablas policromadas pertenecientes a la desaparecida pila bautismal del siglo XVII o XVIII que actualmente se encuentra en proceso restauración.En dicha torre figura el reloj oficial de la ciudad, dependiente del municipio.
