Por lo general, se clasifica como una de las lenguas guaicurú, pero los datos son insuficientes para demostrarlo.
[1] Viegas Barros (2004) propone que Payagua puede ser una lengua macro-guaicurú.
[2] Sin embargo, L. Campbell (2012) clasifica al payaguá como una lengua aislada.
[3] Dos análisis computacional automatizado (ASJP 4 y 5) de Müller et al.
Sin embargo, dado que el análisis se generó automáticamente, la agrupación podría deberse a un préstamo léxico mutuo, herencia genética o semejanzas fortuitas.