Según Koldo Mitxelena en su obra Apellidos Vascos Idiazábal significaría etimológicamente Vado ancho.

[3]​ La diferenciación entre el nombre castellano y el vasco del pueblo estriba en que el primero presenta tilde y el segundo no, de acuerdo a las normas ortográficas del euskera.

En 1898 se encontraron al extraer piedra de una cantera de Idiazábal seis monedas romanas fechadas en el siglo II, lo que induce a pensar en cierta presencia romana en la zona.

Hasta 1561 hubo en Idiazábal un puerto seco donde se cobraban los derechos del diezmo viejo, por las mercancías que transitaban con Navarra.

En 1615, Idiazábal recuperó su antigua independencia al obtener el título de villa, un derecho para la obtención del cual tuvo que pagar 70795 reales.