Tras una franca decadencia en los siglos III y IV después de Cristo, la ciudad siguió manteniendo con la dominación visigoda su influencia, siendo un destacado centro episcopal.
La llegada del islam produjo un nuevo periodo materializado en la Taifa de Saraqusta, reino independiente que en la segunda mitad del siglo XI llevó la civilización andalusí a una de sus máximas cotas en filosofía y arquitectura.
Sin embargo, desde la segunda mitad del siglo XIX hasta nuestros días, Zaragoza ha seguido pujante, y es actualmente la quinta ciudad de España en términos demográficos.
Se han encontrado varias casas de adobe en el mismo solar.
Pero a pesar de todo, durante todo el siglo II a. C. Salduie y el pueblo sedetano se mantuvo fiel al Senado y Pueblo Romano en calidad de «socio» (socii), esto es, aliado antiguo.
Los muros serían decorados, como ocurre en el Cabezo de Alcalá (Azaila), con pinturas o, más sencillamente, enlucidos con cal.
Colonia Caesaraugusta era el nombre que recibía la nueva ciudad, que gozaba del privilegio de ostentar el nombre completo de su fundador, quien encomendó su deductio, como otras muchas tareas del Imperio, a su yerno Agripa.
Zaragoza seguía manteniéndose como ciudad romana a principios del siglo V y, gracias a las imponentes murallas, pudo defenderse de cuantos la atacaron, protegida por soldados veteranos y collegia iuvenum.
La ciudad mantuvo en gran parte sus costumbres romanas y en el 504 todavía se celebraban juegos circenses.
El asedio duró dos meses, ya que como no conseguían rendirla con las armas, lo intentaron por hambre.
La leyenda quiere que los ciudadanos, para proteger la ciudad, paseaban por las murallas la milagrosa túnica de San Vicente Mártir.
Hacia finales del siglo VI, Leovigildo convenció a Vicente II (572-586), obispo de Zaragoza, para que se convirtiera al arrianismo.
En el siglo VII, la ciudad tuvo un florecimiento cultural gracias a una serie de grandes obispos, Juan II, Braulio, Tajón y Valderedo vinculados al monasterio de Santa Engracia, que poseía una importante biblioteca.
La ciudad fue de nuevo protagonista en la disputa por el trono entre Suintila y Sisenando.
Suintila se refugió en Zaragoza contra las tropas de Sisenando, que, ayudados por un ejército mercenario franco, sitiaron la ciudad.
Fue el único de nivel nacional que no se celebró en Toledo.
Fue un puesto avanzado en la lucha contra los reinos cristianos del norte, denominado Marca Superior, que gozó de relativa independencia.
Tras la guerra civil (fitna) en Córdoba, a principios del siglo XI, el poder central desapareció y esto condujo a la caída del Califato y la constitución de estados independientes o taifas.
En las Cortes del año siguiente, en Tarazona, Aragón perdió parte de sus privilegios.