Para eludir el obstáculo legal, el rey recurrió a denunciarlo como hereje ante la Inquisición, ante cuya jurisdicción no tenían efecto las garantías de la ley aragonesa.

Ambas fuerzas se encontraron en Utebo el 12 de noviembre de 1591; la aragonesa se dispersó ante la superioridad del enemigo y la hueste castellana entró en Zaragoza sin resistencia.

Fue retenido en las mazmorras del Palacio de Torrellas para ser ajusticiado.

Palacio, ya desaparecido, que perteneciera a Gabriel Sánchez y cuyas mazmorras, que sí se conservan en la actualidad, se encuentran enclavadas el actual pasaje del Ciclón.

En una fachada del Mercado Central de Zaragoza, que hoy ocupa la plaza en la que el Justicia fue ejecutado, existe una placa en conmemoración del 400.º aniversario de su muerte, colocada el 20 de diciembre de 1991.