Para satisfacer estas necesidades en el verano de 1931 se preparó el primer prototipo, el He 50aW, una versión hidroavión.
Debido al veto, Heinkel y los representantes chinos decidieron introducir algunos cambios y la propulsión fue confiada a un Siemens Jupiter VIIF de 480 hp (353 kW), la versión del Bristol Jupiter fabricado bajo licencia en Alemania, colocado en el vértice frontal del fuselaje sin ningún capó.
Primer prototipo construido como hidroavión, impulsado por un motor en línea Junkers L5 de 291 kW (390 CV) , muy dañado en un aterrizaje forzoso.
Segundo prototipo como un avión terrestre, impulsado por un 365 kW (490 CV) Siemens Jupiter VI ( Gnome-Rhone / Bristol ) motor radial .
El tercer prototipo designado HE 66 para la exportación a Japón, tres más completados para la evaluación alemana, impulsado por un Bramo 322 B radial de 373 kW (600 CV) .