Pero su inesperado fallecimiento determinó que se eligiera a Juan Francisco Giró.
Para culminar el mandato del presidente constitucional se designó a un triunvirato, integrado por el mismo Flores, Juan Antonio Lavalleja y Fructuoso Rivera.
Con varios de sus colaboradores se exilió en Buenos Aires, donde prestaron servicio en la guerra contra los indígenas.
El 6 de enero del año siguiente César Díaz desembarcó en Montevideo e intentó tomar la ciudad.
Algunas versiones afirman que el número de los ejecutados llegó a ciento cincuenta y dos hombres.