En la elección del 7 de abril de 1912 es elegido Diputado nacional por Córdoba, integrando la lista del oficialista Partido Constitucional.

Al concluir su período como diputado, compitió nuevamente por una banca en la elección complementaria del 17 de febrero de 1917, obteniendo el tercer puesto en la votación.

Paulatinamente, se transforma en el líder de la facción liberal (anticlerical) del Partido Demócrata de Córdoba que será conocida como "rothista".

Roca empieza una gestión sin legitimidad, ha sido elegido sin oposición por la abstención de la Unión Cívica Radical y con divisiones en el seno del propio Partido Demócrata de Córdoba entre "nuñistas", católicos, y "rothistas", liberales.

Sin embargo, el binomio Guillermo Rothe-Pedro Frías es superado por el de Ramón J. Cárcano-Manuel Paz.

En 1928, surgió un nuevo enfrentamiento político entre el gobernador Cárcano y Guillermo Rothe a la hora de designar al Senador de la Nación Argentina en representación del Partido Demócrata de Córdoba, dado que el último se enfrentaba al poderoso caudillo departamental Mariano P. Ceballos.

El exministro, entonces, envía una carta al gobernador acusándolo de quebrar la imparcialidad y de vetar la única candidatura con mayoría averiguada.

Las designaciones ministeriales, salvo Hacienda, recayeron en importantes dirigentes demócratas cordobeses: Carlos A. Astrada como Ministro de Gobierno, Justicia y Culto; a Sofanor Novillo Corvalán, Intsrucción Pública; y a Felipe A. Yofre, como secretario de la gobernación.