Las ruinas visibles se encuentran entre el río y el cerro, ambos con el nombre de Guiengola.

[2]​ Hay dos tumbas principales que han sido excavadas, y ambas parecen ser sitios de entierro familiar intermitentes.

[5]​ Alexis Sepúlveda realizó una detallada documentación de los trabajos arqueológicos en Guiengola hasta el año 2005.

El origen de la denominación "zapoteca", es el nombre en náhuatl que los conquistadores aztecas dieron a este pueblo; este nombre era el de tzapotēcah (en singular tzapotēcatl), que viene significando ‘habitantes del país del zapote’.

Hicieron esto desde aproximadamente 200 a. C. hasta 100 d. C, porque ninguna de las provincias podía competir con ellos, política o militarmente.

[10]​ Las relaciones con las culturas del centro de México se dieron desde mucho tiempo atrás, así es atestiguado por las ruinas arqueológicas del barrio zapoteca dentro de Teotihuacán y por una casa estilo Teotihuacán en Monte Albán.

Otros importantes sitios incluyen Lambityeco, Dainzu, Mitla, Yagul, San José Mogote, El Palmillo y Zaachila.

En Tenochtitlán habitaban artesanos zapotecas y mixtecas, cuya labor era la de confeccionar joyería para los tlatoque o emperadores aztecas; entre ellos el tlatoani Moctezuma.

Además existen inscripciones epigráficas datadas entre el 400 a. C. y el 900 d. C. En Mitla, otro lugar con testimonios de este pueblo, subsisten pinturas murales plasmadas sobre fondo rojo que representan el águila, los dioses nocturnos y a Cocijo.

En Hierve el Agua, los zapotecas crearon un sistema de riego artificial único en Mesoamérica.

El zapoteco (díidxa záa (Juchitán), tiits së (Santa Catarina Quioquitani), por ejemplo) es una macrolengua integrada por varias lenguas zapotecas, habladas por un total de 777 000 personas[11]​ en Oaxaca y otros lugares, forma parte con el idioma chatino de un grupo lingüístico que pertenece al tronco otomangue de lenguas mesoamericanas, junto con la lengua mixteca,[12]​ mazateca y popoloca, entre otras.

[14]​ Los zapotecas desarrollaron un calendario y un sistema logo fonético de escritura que utilizaba un carácter individual para representar cada sílaba del lenguaje.

Tiene un grabado de lo que parece ser un prisionero ensangrentado muerto, con dos glifos entre sus piernas, probablemente su nombre.

Sin embargo hay dudas sobre esta fecha, ya que el monumento pudo haber sido reutilizado.

Esta consistía en que en la noche correspondiente al día del nacimiento de un niño se ponían cenizas alrededor de la choza donde vivía el recién nacido y al siguiente día la huella, o huellas, del animal que se encontrara marcada en aquellas, por haber pasado por ahí, determinaba cuál sería el nagual (tótem) del niño: aquel animal que lo representa y le da su personalidad.

Otra creencia, llamada tona, consistía en que los hechiceros aprovechaban su nagual y se convertían en el propio animal para hacer maldades en la noche.

El rey Cosijoeza y sus aliados, los mixtecas, resistieron los ataques comandados por el tlatoani Ahuizotl (1486-1502)[19]​ de los aztecas.

[22]​ Guiengola está formado por un centro ceremonial sobre una superficie plana artificial de 150 x 200 m, construida entre dos colinas rocosas.

El santuario pudo haber sido una construcción en la pirámide cerca de su pared oriental, cuya superficie entera tenía estuco.

Se trata de un templo con tres espacios diferenciados consecutivos con puertas típicas con dos columnas redondas.

Desde allí es posible observar cualquier movimiento en la cuenca del río y tiene una visión casi completa de la zona ceremonial.

La primera está situada junto a la pared perimetral del patio de la pirámide oriental.

En casi todos los lados de la colina hay cuevas, en algunos casos los accesos están bloqueados.

Es probable que las cuevas hayan contenido pinturas rupestres, pero sus vestigios muestran una destrucción casi total.