San José Mogote o San José el Mogote es una zona arqueológica del estado de Oaxaca, en el sureste de México.

Se localiza a pocos kilómetros al noroeste de Monte Albán, en el valle de Etla, a una altitud de 1.610 m s. n. m. El sitio muestra evidencias arqueológicas de ocupación temprana, aunque su mayor desarrollo ocurrió en el Preclásico medio, contemporáneo a la cultura olmeca.

Por las construcciones, es posible saber que sus pobladores ya hacían cálculos astronómicos, actividad importante en la cultura mesoamericana.

Alrededor de la plaza central, los arqueólogos han descubierto numerosas plataformas piramidales, pertenecientes a la fase conocida como Rosario.

La población entró en declive hacia final del Preclásico medio, al mismo tiempo que Monte Albán tomaba la hegemonía en los Valles Centrales de Oaxaca.