El incidente específico que hizo saltar la chispa del conflicto no está claro, pero según el antiguo productor ejecutivo Russell T Davies, los orígenes datan de los encuentros del Doctor con los Daleks.
Varias razas con asuntos contra los Señores del Tiempo, como los Sontarans, deseaban participar, pero no les dejaron (La estratagema Sontaran y El cielo envenenado, 2008).
Mientras la guerra progresaba, los Señores del Tiempo se fueron haciendo cada vez más agresivos y sin escrúpulos.
En los primeros años de la guerra, el liderazgo entre los Señores del Tiempo permaneció incierto.
Rechazando la posibilidad de que los Daleks destruyeran su civilización, Rassilon preparó un escenario apocalíptico, la así llamada "Última Sanción".
Los Señores del Tiempo, aparentemente endurecidos por los horrores de la guerra, le dieron un apoyo casi unánime a este plan.
[3] La Guerra del Tiempo concluyó con la aparente destrucción mutua de ambas facciones y sus respectivos planetas.
También admite que voló con su propia TARDIS en solitario contra la flota Dalek cuando avanzaba contra Gallifrey, y provocó un evento desconocido que hizo que la flota entera se estrellara contra Gallifrey destruyendo a ambos (Utopía, El sonido de los tambores y El último de los Señores del Tiempo, 2007).
No queda claro si "el Momento" habría resultado invariablemente en la destrucción de las dos facciones o si el Doctor podría haberlo usado para destruir únicamente a los Daleks y decidió destruir también a los Señores del Tiempo para evitar sus planes.
A estas alturas, la guerra del tiempo estaba ya "encerrada temporalmente" para que ningún viajero en el tiempo pudiera entrar o salir de ella.
El Amo así podría atraer Gallifrey y a los Señores del Tiempo fuera del cierre temporal y hasta el presente, algo que hizo al incrementar la señal al convertir a prácticamente toda la humanidad en copias de sí mismo.
Tras la desaparición de los Señores del Tiempo, esa paradoja invocó a unas terribles bestias que descendieron para "esterilizar la herida" en el tiempo devorándolo todo en su interior, que sólo pudieron ser detenidas por Pete matándose a sí mismo (El día del padre, 2005).
También avisa a otro personaje de que no intente alterar su propia línea temporal, ya que entrometerse de esa forma podría "destruir dos tercios del universo" (Parpadeo, 2007) y se resiste a una oferta que le hace el Director Finch de los Krillitane, que le habría dado al Doctor la habilidad de reordenar el universo y le hubiera permitido detener la guerra (Reunión escolar, 2006).
A pesar de los esfuerzos del Doctor, no todos los Daleks perecieron en la guerra.
El Doctor después descubre que el Emperador Dalek también ha sobrevivido y se ha dedicado a reconstruir toda una nueva raza Dalek usando materia orgánica de cadáveres humanos reescribiendo su ADN.
Para utilizar el progenitor, los Daleks engañan al Undécimo Doctor para que lo active por ellos durante la Segunda Guerra Mundial.
Las últimas palabras del Rostro de Boe para él fueron "Tú no estás solo" (Atasco, 2007).
Los Gelth describieron el impacto de la guerra como "invisible para las especies inferiores pero devastador para las formas superiores".
El revoltijo y la desincronía de las corrientes temporales que provocó esta acción hizo que todas las encarnaciones del Doctor salvo el Undécimo olvidaran lo sucedido y se mantuviera en su recuerdo la realidad alternativa de que el Doctor Guerrero destruyó Gallifrey, manteniendo así la coherencia argumental entre la continuidad anterior y la nueva.