[1][2] Perugia había sido una ciudad libre hasta 1370, cuando fue de jure incorporada a los Estados Papales.
Al decidir no aplicarla, se envió embajadores a Roma para protestar contra la propuesta, considera en conflicto con los acuerdos ya establecidos con anteriores Papas.
Mientras tanto, en la ciudad el gobierno aristocrático de los Veinticinco están ocupados solo por su propia supervivencia ignorando el peligro del conflicto.
Tras dejar Torgiano y haber saqueado los pueblos de la comarca, el ejército papal se dirigió a Perugia, rodeando sus murallas.
Al día siguiente la ciudad se rindió, y muchas familias perusinas emigraron a las ciudades limítrofes de Florencia, Siena y Urbino, prefiriendo someterse a los señores de estas ciudades antes que al régimen del Papa.
Ridolfo Baglioni, privado de sus privilegios y sus soldados, se vio obligado a abandonar la ciudad, siendo el final del señorío en Perugia.
Regresó a las órdenes del duque Cosimo falleciendo en 1554 durante el conflicto entre Florencia y Siena, abatido con un arcabuz bajo los muros de Chiusi.
Una curiosa leyenda cuenta que los perusinos, como protesta popular contra el nuevo impuesto papal en 1540, dejaron de poner sal en su pan.