[21]​ A mediado de 1968, la guerra saltó a los medios por la hambruna en diversas zonas sitiadas, y las crueles imágenes de niños biafreños hambrientos y gravemente desnutridos dieron la vuelta al mundo.

A raíz de esto, Bernard Kouchner y otros doctores franceses que estuvieron en la Biafra sitiada crearon, en 1971, la ONG Médicos Sin Fronteras.

[24]​ Sin embargo recibió un gran apoyo logístico y respaldo de muchos países, entre los que se encuentran principalmente Israel (que inicialmente había apoyado al gobierno nigeriano), Francia, Sudáfrica, Rodesia, China, España o Portugal.

Sin embargo, la mayoría del ejército permaneció fiel al gobierno y a su comandante en jefe, general Johnson Aguiyi-Ironsi, quien rápidamente encarceló a los golpistas, restableció el orden e instauró un régimen militar, convirtiéndose en jefe de Estado en reemplazo del presidente Nnamdi Azikiwe, que se encontraba en Londres recibiendo tratamiento médico.

Mientras tanto, creció el resentimiento en las regiones septentrional y occidental, donde el golpe militar fue interpretado como una maniobra de los ibos para hacerse con el poder; esto iba especialmente en contra de los oficiales yorubas o hausas.

Sin embargo, la exclusión del poder de las regiones orientales hizo que muchos temieran que los beneficios obtenidos del petróleo fueran empleados en beneficio de las áreas septentrional y suroccidental, y no en el sudeste.

Entre los distintos Estados que combatieron se distinguen tres países: El gobierno nigeriano lanzó una «acción policial» para recuperar el territorio secesionista tras una avance de las fuerzas de Biafra en territorio adyacente no perteneciente a los igbos.

Los nigerianos, en ese momento, calmaron sus ofensivas y empezaron un periodo de asedio a Biafra.

Sin embargo, la reorganización del ejército nigeriano, la reticencia de la armada biafreña a lanzar nuevos ataques y los efectos del bloqueo naval, aéreo y terrestre sobre Biafra llevaron a un cambio en el equilibrio de las fuerzas.

[30]​[31]​[32]​[33]​ Desde 1968 en adelante, la guerra cayó en unas largas tablas, con las fuerzas nigerianas incapaces de realizar avances significativos en las zonas todavía bajo control biafreño.

La Cruz Roja requería a sus voluntarios la firma de un acuerdo, considerado por muchos (como Kouchner y sus partidarios) como un “acuerdo-mordaza”, y diseñado para mantener la neutralidad de la organización, sin importar las circunstancias.

Estos médicos, liderados por Kouchner, vieron la inexistencia de una organización humanitaria que ignorara las fronteras político-religiosas y que priorizara el bienestar de las víctimas, y en 1971 constituyeron Médecins Sans Frontières (Médicos sin fronteras).

Durante todo 1968 y parte de 1969, las dificultades logísticas hicieron que las fuerzas federales nigerianas no dieran el golpe de gracia a una guerra que se decantaba a su favor.

Les apoyaron pilotos mercenarios extranjeros, que seguían proporcionando comida, medicamentos y armas.

El 13 de enero fue ocupada Amichi, y el día anterior se había rendido el líder rebelde Effiong.

La guerra fue muy costosa para Nigeria en términos de vidas humanas, dinero e imagen exterior.

Sin embargo, las antiguas tensiones étnicas y religiosas han seguido caracterizando la vida política nigeriana.

Se aprobaron leyes por las cuales los partidos no podían tener orígenes étnicos o tribales.