Obasanjo, ya retirado, no participó en el golpe de Estado, y parece ser que lo criticó.

Obasanjo fue vencedor con un 62,6 por ciento de los votos, con una abrumadora mayoría en el sureste cristiano y en el norte musulmán, pero perdiendo de manera significativa en su región natal del suroeste frente al también Yoruba y cristiano Olu Falae, el otro candidato.

Los pobres resultados en su región de origen se han interpretado como un castigo por su etapa previa en el gobierno, cuando cedió el poder a un gobierno civil en el que predominaban los nigerianos del norte, lo cual habría causado resentimiento contra su figura entre la población yoruba.

El resultado electoral, sin embargo, acentuó la polarización geográfica y religiosa de la política nigeriana.

Obasanjo venció con comodidad en el sur cristiano del país, incluida la zona yoruba que le había dado la espalda en 1999, pero obtuvo muchos menos votos en el norte.

Algunos analista han visto en este resultado una tendencia peligrosa para la unidad y la armonía religiosa en un país con profundas divisiones étnicas y religiosas, aunque otros piensan que los resultados fueron normales dado que, a diferencia de las elecciones de 1999, el otro candidato principal era musulmán del norte.