Toma su nombre del ciclista belga Eddy Merckx.
La primera edición fue en 1980 y hasta 1987 se disputaba en la modalidad de contrarreloj individual.
Esta curiosa modalidad hizo célebre a la prueba ya que era prácticamente la única con esta modalidad en el ciclismo profesional, junto con el Dúo Normando disputado en Francia, y se disputó ininterrumpidamente hasta 2004.
En la modalidad de parejas el récord de victorias también está en los dos triunfos que obtuvo el dúo formado por Marc Wauters y Erik Dekker.
El español Abraham Olano es el único ciclista que ha obtenido la victoria tanto en la modalidad individual como en la modalidad de parejas.