La conspiración en la Armada no estaba tan desarrollada como en el Ejército, pero a diferencia de este en el Cuerpo General no existía la división entre partidarios y contrarios a la República, sino que la práctica totalidad de los jefes y oficiales eran hostiles (o como mínimo indiferentes) al régimen republicano, como ya lo habían demostrado en algunas ocasiones.

El gobierno también había sido informado por suboficiales de que oficiales del Cuerpo General durante las escalas en Melilla y en Ceuta se habían entrevistado con los jefes de la Legión, coroneles Yagüe y Solans.

Estos comités en algunos casos mantenían vínculos con la Unión Militar Republicana Antifascista (UMRA).

Ese mismo día las dotaciones de los guardacostas Uad-Lucus y Uad-Muluya y el cañonero Laya obligaron a sus respectivos comandantes a dirigirse al puerto internacional de Tánger (mientras que los guardacostas Dato y Uad-Kert se sumaban a la sublevación entrando en Ceuta, así como el torpedero T-19).

Por su parte la dotación del acorazado Jaime I, que había hecho escala en Vigo para carbonear, se amotinó a mediodía del martes 21 y a diferencia de lo ocurrido en el Libertad y en el Miguel de Cervantes aquí hubo lucha entre los oficiales que defendieron el puente contra un grupo armado de cabos, que finalmente logró hacerse con la nave.

Cuando llegó allí fue destituido[16]​ del mando y desembarcado junto con otros oficiales.

Luego el Méndez Núñez zarpó para España pero en Dakar dos de los tres oficiales que habían quedado al mando se escaparon a nado.

Los otros siete submarinos también quedaron del lado gubernamental cuando fracasó la sublevación en las bases navales de Cartagena y Mahón.

Gracias al control de la base los sublevados tenían en su poder el crucero República, que estaba sometido a grandes reparaciones, por lo que no entraría en servicio hasta 1938, los cañoneros Cánovas y Lauria, después de aplastar el amotinamiento de su tripulación, y dos guardacostas, el Alcázar y el Larache, que no se amotinaron.

Así el destructor Lazaga, que estaba allí anclado, y los seis destructores que estaban en fase de construcción quedaron del lado gubernamental, lo que unido a los destructores cuyas tripulaciones se habían amotinado contra sus oficiales sublevados y al destructor Lepanto, cuyo comandante, el capitán de fragata Valentín Fuentes, no se rebeló, hizo que toda la flotilla de destructores, excepto uno, quedara del lado gubernamental, además de cuatro torpederos, un guardacostas y tres submarinos, junto con varios barcos auxiliares.

Así fue como la base y los tres buques de importancia que había en ella se unieron a la sublevación.

[22]​ Poco después hubo un intento de sublevación que fue sofocado y las dotaciones de los submarinos que tenían allí su base se amotinaron porque los oficiales habían mostrado su acuerdo con el mensaje radiotelegráfico emitido desde Canarias por el general Franco.

Entonces se produce un pequeño combate,[25]​ en el cual los tripulantes del "Fernando Poo" abandonan el buque.

A la mañana siguiente, el mercante "Fernando Poo" se encontraba en el fondo de las aguas y Bata cayó en manos de los "nacionales", por lo que toda la colonia pasó a estar controlada por el bando sublevado, al igual que las colonias del Sáhara Occidental e Ifni.

También contaba el crucero ligero República, rebautizado como Navarra, (botado en 1920) pero este se encontraba en reparaciones y no entró en servicio hasta muy avanzada la guerra, en agosto de 1938.