[5] Dentro de los cuarteles abrió escuelas, fundó universidades en Cauca y Bolívar.
se obtuvieron grandes cantidades del Mauser Modelo 1871 para su distribución a la Guardia Colombiana y otras unidades de élite.
Núñez reaccionó airadamente y a ello se añadió el lanzamiento de la candidatura del general liberal Solón Wilches, cuyo eventual triunfo podría llevar a una nueva guerra civil, provocada ahora por el partido conservador.
Cuando se avecinaba la elección presidencial de 1884, el sector radical del liberalismo le ofreció a Otálora la candidatura a la reelección, pero el presidente declinó el ofrecimiento su anunciando lealtad para el sector independiente o moderado, que lideraba Núñez, es así como desde entonces se ganó la enemistad de los radicales.
El sector radical del Congreso lo denunció por irregularidades durante su mandato (que resultaron falsas) y cuando se preparaba para escribir su defensa, murió de un derrame cerebral en su finca de Tocaima, al enterarse de que las acusaciones habían sido tomadas como ciertas por la justicia.