Con el ascenso al trono de Eduardo VI, estos acuerdos fueron renovados; Gerald sería compañero del nuevo rey.
Desafortunadamente, tras la paz de Munster, estos proyectos no fueron llevados a cabo.
Cuando la reina Isabel I le llamó a la corte, Desmond se negó, alegando que estaba en guerra con su tío Maurice.
Ante esto, Maurice, solicitó la ayuda de Thomas Butler, lo que desembocó en una guerra abierta entre Ormonde y Desmond.
Se enfrentaron en la batalla de Affane, a orillas del río Blackwater, donde Desmond fue derrotado y hecho prisionero.
Se llegó a estudiar la posibilidad de ofrecer 500 libras por su cabeza y 1000 por su entrega vivo, aunque finalmente esta propuesta no fue aprobada.
Poco después, Ormonde y el lord diputado, Sir William FitzWilliam, marchaban sobre Munster, y pasaban a cuchillo a toda la guarnición irlandesa situada en Derrinlaur Castle.
Pero FitzMaurice había huido a Bretaña junto con otros líderes Geraldine.
Su hermano John, había sido capturado y muerto en diciembre de 1581.