Pasó a formar parte del séquito de William Paulet, lo que le permitió ser presentado al rey.

Poco después falleció Enrique VIII, pero fue nombrado caballero en la coronación de su sucesor, Eduardo VI.

Sus habilidades como soldado y cazador le llamaron la atención al rey francés, que intentó retenerlo por motivos de deudas.

Poco después, fue emboscado por los rebeldes, que les superaban numéricamente en una proporción de diez a uno.

Pero pudo escapar al confundir los irlandeses un pequeño contingente de caballería con una fuerza mayor.

En julio de 1573 abandonó Irlanda y renunció a su cargo, que fue asumido por William Drury.

Fue recriminado desde Londres por realizar esas operaciones sin la autorización real, pero en 1586 consiguió llegar a un acuerdo de paz con Sorley Boy.

Como Lord Diputado, pacificó Irlanda y prestó un buen servicio a Isabel I.

Pero su carácter violento, junto con su falta de tacto e incluso abuso sobre sus colegas, le crearon numeroso enemigos.

En Inglaterra, sin embargo, sus enemigos siguieron conspirando contra él, lo que le acabó llevando a la ruina.

Para Perrot, este fue un momento crítico, y se presentaron alegaciones -especialmente por su anterior secretario- de sus frecuentes comentarios privados contra la reina.

Las autoridades lo confinaron a la Torre de Londres hasta la celebración del juicio por alta traición en 1592.