Durante su estancia en Cuba destacó por su valor y forjó la leyenda de su buena estrella.Fue condecorado y felicitado por el gobierno en varias ocasiones, participando en más de cincuenta combates.Silvestre recibió cinco heridas de bala y su caballo resultó muerto.[3][1] Rescatado en estado muy grave, casi desangrado, fue trasladado al Hospital de Morón, donde logró recuperarse.[2] El 11 de enero de 1898, Silvestre recibió dos balazos en la primera carga que realizó su escuadrón, otros tres balazos y trece machetazos en la segunda, hiriéndole en la cabeza, tronco y extremidades, quedando seriamente incapacitado del brazo izquierdo, hecho que disimulaba muy hábilmente.Los ánimos antiespañoles estaban exacerbados y los Ibn Malek, un clan nativo amigo de España, fueron asesinados en Larache.El audaz hecho asombró a los franceses e irritó al Elíseo.Tras el asesinato de Canalejas y el establecimiento unilateral del protectorado francés en Marruecos, el 27 de noviembre España se vio obligada a firmar precipitadamente un tratado leonino, que redujo a 21 000 km² la zona de influencia española previamente pactada, mientras que Francia se reservó 415 000.Nació así el Protectorado español en Marruecos, situado en la zona más pobre, agreste y levantisca del país.[2][1] Ante las agresiones cabileñas y la escalada del conflicto con El Raisuni, Silvestre fue devuelto a la situación activa.El Raisuni fue derrotado por las tropas españolas, entre las que estaban las comandadas por Silvestre, en octubre de 1919.Después de estos movimientos, Silvestre había extendido excesivamente a sus tropas que avanzaron demasiado sin haber asegurado su retaguardia o sus líneas de suministros, quedando expuestas e indefensas a ataques.Durante ese tiempo, solicitó refuerzos, que nunca le fueron proporcionados (en realidad si le fueron proporcionados por Berenguer, pero en aquella época se requerían varios días para movilizar un cuerpo de ejército, parte del cual estaba luchando en la zona de Yebala, y llevarlo por mar hasta Melilla, único punto de acceso a la zona desde Tetuán pues los territorios entre ellas estaban sin conquistar.Esta se convirtió en una huida desordenada, muriendo alrededor de 1000 combatientes ese mismo día.[11] Durante los últimos días de la batalla, Silvestre se volvió más y más incoherente y hacia el final se limitaba a permanecer colgado de un parapeto fortificado a varios metros de altura donde presenciaba horrorizado los ataques rifeños; finalmente, en sus últimos momentos, justo antes de morir, dio su última orden, gritando a sus hombres: "¡Corred, corred, que ahí viene el coco![17] No obstante, su cadáver jamás fue hallado, lo que, durante un tiempo, dio pábulo a rumores infundados sobre su presunta supervivencia.
Fotografía del coronel Fernández Silvestre, publicada con motivo de su ascenso a general