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Zabaleta fue nombrada en 1988 directora de Renovación Pedagógica del Gobierno Vasco.

En ese mismo periodo fue simultáneamente concejal en el ayuntamiento de Andoáin, su primer cargo electo, en el que permaneció hasta 1999.

Estuvo en dicho cargo durante toda la V Legislatura, de 1993 a 1996.

En paralelo fue también elegida concejal en el ayuntamiento de Urretxu y portavoz socialista en dicho consistorio.

Las nuevas medidas dejaron a muchos de los beneficiarios de ayudas sociales sin ellas, por lo que Cáritas y otros sectores críticos con estas medidas acusaron al Gobierno Vasco en escudarse en la lucha contra el fraude para realizar recortes en las ayudas sociales.

[5]​ Gemma Zabaleta, que se autodefine como socialista, vasca y vasquista, ha sido considerada, junto con otros destacados socialistas guipuzcoanos como Jesús Eguiguren u Odón Elorza, como uno de los representantes más significativos del ala vasquista del PSE-EE (PSOE).

[6]​ Zabaleta ha tenido una influencia significativa en la política interna del PSE-EE como referente de dicho sector.

Tras la dimisión de Redondo como secretario general en 2001, Zabaleta disputó dicho cargo con otros dos candidatos, pero finalmente la corriente Nuevo Socialismo Vasco, que lideraba Zabaleta, fue la que menos votos obtuvo, con el respaldo del 6% de los delegados, y Patxi López fue elegido nuevo secretario general.