El interrogante se acentúa dado que en 1133 se cita el nombre de Galápagos como límite del alfoz de Guadalajara, sin quedar claro si es únicamente como topónimo o ya como lugar habitado.

Allí permaneció hasta 1430, cuando el rey Juan II concedió las tercias reales que pagaba el pueblo al monasterio de Lupiana.

[1]​ Habrían de llegar los últimos años del siglo XVI, concretamente 1585, para que el rey Felipe II otorgase a Galápagos el título de Villa, fijándole un término municipal e incorporándola a la Corona.

Todo ello previo pago, y a través de una carta privilegio firmada en Monzón.

[2]​ A mediados del siglo XIX, el lugar contaba con una población censada de 234 habitantes.