Junto a Manuel Ubalde, dirigió en 1805 una conspiración para independizar al Perú de España y restaurar la monarquía incaica.

Asimismo, se empapó de las ideas liberales que por entonces estaban en boga en Europa.

Aguilar, luego de volver a su tierra natal, atravesó la sierra central y llegó al Cusco en 1804.

Ambos se concertaron entonces para iniciar una conspiración destinada a liberar al Perú del dominio español.

El plan consistía en apoderarse de las autoridades coloniales del Cusco y alzar en armas a la población, Aguilar realizó su trabajo proselitista llegando hasta La Paz, mientras que Ubalde y sus amigos lo hacían en el Cusco.