En un primer momento el consejo del arzobispado nombró gobernador a Juan Briviesca de Muñatones, que ya había sido gobernador entre Bartolomé de Carranza y su antecesor en el arzobispado, el cardenal Siliceo.
La elección fue encargada por el papa Pio IV a Felipe II, quien eligió al licenciado Gómez Tello y Girón.
[11][12][13] Durante su administración se redujeron las limosnas realizadas por el arzobispado en la diócesis.
La santa consiguió desbaratar la primera oposición de Gómez Tello, concediéndole el permiso siempre que el convento no tenga rentas, fundador o patrón alguno.
Como consecuencia de esta negativa, don Andrés Núñez encargó al Greco en 1586 el famoso óleo que hoy preside la capilla.