Fuente de Santa Cruz ha sido una tierra poblada por el pueblo celta.
En el S. VIII este núcleo, al igual que toda la Extremadura Castellana, se encontraba despoblado, lo que originó en el S. X una repoblación basada en la iniciativa privada, monacal o familiar, lo cual no tuvo éxito tras el avance de las tropas de Almanzor.
Todos los vecinos (en aquella época 133 habitantes) solicitaron eximirse de la jurisdicción de Coca y solicitar a su Majestad que les hiciera Villa.
Antiquísimas son las dos Cofradías que aun guardan celosamente sus tradiciones.
No se poseen datos sobre su fundación, pero si está documentada.