Ese mismo ano, Ehrle y Heinrich Denifle, OP, fundaron el Archiv für Litteratur- und Kirchengeschichte des Mittelalters.
Con el tiempo la revista legó a siete volúmenes (los dos últimos preparados casi enteramente por Ehrle) hasta que los sobrecargados editores suspendieron la publicación en 1900.
Por casi veinte años, trabajó en reorganizar la amplia, pero en gran parte desordenada, colección Vaticana en un intento por transformarla en una «biblioteca funcional».
Entonces, el general le nombró jefe de una comisión, que debería perfilar el alcance, características y metodología del proyecto.
En respuesta a sus ruegos insistentes, fue substituido en 1914 por Achille Ratti, el antiguo director dela Biblioteca Ambrosiana en Milán y futuro Pío XI, que en 1911 había sido nombrado, por recomendación de Ehrle, viceprefecto de la Biblioteca Apostólica Vaticana.
Ehrle se trasladó al recién inaugurado Pontificio Instituto Bíblico, donde confiaba continuar su obra sobre el escolasticismo, pero la entrada de Italia en la Primera Guerra Mundial le obligó a dejar la ciudad a comienzos de 1915.
Este acto se proyectó como un tributo internacional a Ehrle en los inicios de su octogésimo ano.
En esta ocasión se le ofreció la Miscellanea Francesco Ehrle, una obra en cinco volúmenes con un Album introductorio, preparado por eruditos internacionales sobre temas que reflejaban los vastos intereses científicos de Ehrle, en especial en los campos de la paleografía y diplomática.
Al morir el cardenal Francis Aidan Gasquet, fue nombrado (1929) bibliotecario y archivero de la Santa Sede, un cargo honorífico en gran parte, pero que le permitía acceso ilimitado a la Biblioteca y Archivo Apostólico Vaticano.