[a]​ La Junta de Gobierno convocó a elecciones presidenciales, en las que resultó elegido el doctor Juan José Arévalo, y en este gobierno Arana ocupó el Jefe del Estado Mayor del Ejército.

Sus padres eran mestizos, como la gran mayoría de guatemaltecos y en sus facciones predominaba el ancestro indígena.

[2]​ Generoso con sus amigos y gracioso para contarles historias, por lo que lo consideraban como un «buen compañero».

[d]​ Arana había aceptado este pacto porque quería ser conocido como un «héroe demócrata» de la sublevación contra Ponce y creyó que el Pacto del Barranco garantizaría su posición cuando llegara el momento de las elecciones a presidente.

[14]​ Arana era una persona muy influyente en el gobierno de Juan José Arévalo, y había logrado ser nominado como el siguiente candidato a la presidencia, por delante del capitán Arbenz, a quien se le dijo que por su corta edad (apenas 36 años en ese tiempo) no tendría problema en esperar su torno para las elecciones siguientes.

[11]​ Pero la élite social no estaba conforme con el gobierno arevalista, pues por primera vez en la historia del país la clase media urbana tenía poder y lo había utilizado para que el gobierno adoptara medidas en favor de los obreros de la ciudad.

[15]​ La élite consideraba nocivas las reformas sociales y consideraba que era más fácil hacer negocios y dinero -y que era más seguro para ellos- vivir en un régimen dictatorial como el de Ubico.

[15]​ Los terratenientes tradicionales empezaron a cortejar al teniente coronel Arana -a quien por su condición de mestizo jamás hubieran buscado anteriormente- para que liderara un golpe de Estado contra Arévalo y se opusiera a las tímidas reformas que este había emprendido.

[16]​ A partir de ese momento, las relaciones entre Arana tanto con el presidente Arévalo como con el Congreso se fueron distanciando, y se empezó a rumorar un posible intento golpista del militar y un posible descontento del presidente con el movimiento «Arana para Presidente» que ya se había iniciado.

[18]​ En otra oportunidad, a mediados de 1949, Arana habría girado instrucciones a sus hombres en la Guardia de Honor para que lo esperaran en la noche para iniciar un golpe contra el gobierno; pero Arana ya no llegó porque pasó la noche tomando con Arévalo en la Casa Presidencial.

[23]​ La muerte del teniente coronel Francisco Javier Arana es de crítica importancia en la historia del país, pues fue un episodio crucial en la historia de la revolución guatemalteca: su muerte no sólo abrió las puertas a la elección del coronel Jacobo Arbenz como presidente de la república en 1950[e]​ sino que también provocó una aguda crisis en el gobierno del doctor Arévalo Bermejo, quien se vio enfrentado contra un ejército que había sido fiel al mayor Arana, y a grupos civiles de derecha que aprovecharon la ocasión para protestar fuertemente contra su gobierno.

[24]​ Arévalo llamó a Árbenz para que se hiciera cargo de la situación, y este envió a varios hombres armados, quienes salieron desde la capital en dos autos e iban bajo las órdenes del jefe de la policía, teniente coronel Enrique Blanco y por el diputador del PAR Alfonso Martínez, un oficial retirado y amigo de Árbenz.

[24]​ Cuando Arana llegó al puente de La Gloria, un Dodge gris estaba parado allí obstruyéndole el paso.

[25]​ Al conocerse la noticia de su muerte, la Guardia de Honor se alzó en armas y se iniciaron los combates en la ciudad, que tardaron durante veinticuatro horas mientras el resto del país esperaba el resultado.