En el año 1810, cuando Chile inició su camino hacia la independencia, Chiloé se mantuvo leal al gobierno virreinal, y en su jurisdicción se formaron una serie de milicias que combatieron contra la emancipación americana en la zona central de Chile, y en algunos casos también en territorios actualmente parte de Bolivia y Perú.
No obstante, en 1820 se pierden las provincias de Osorno y Valdivia, y luego del Combate de El Toro todos los territorios al norte del río Maullín.
De estas conversaciones, el naturalista británico destacó la dureza en el trato dado hacia ellos por las autoridades chilenas, y la nostalgia que mantenían en la localidad por el gobierno real.
En estos viajes, los marinos españoles dejaron constancia de varios episodios en donde la población chilota los recibió con gran cordialidad, y les manifestó su nostalgia por la época virreinal.
[10][11] En 1871, una vez acabada la guerra, el marino chileno Francisco Vidal Gormaz volvería a visitar la zona, y narraría sobre cómo en las islas del Archipiélago de Calbuco aún se mantenía gran lealtad por el gobierno español, y que luego de su interacción con las fragatas en 1866, aún mantenían expectativas que España volviese a retomar el control de la zona.