Algunos sostienen que fue hijo natural del rey García de Galicia,[1] aunque él nunca se autodenomina filius regis en la documentación de la época.
El autor esgrime varios argumentos a favor de esta filiación, entre ellos, una cita del cronista musulmán Ibn Abi Zar en su obra Rawd al-Qirtas: «Supo el emir Mazdali que Ibn al Zand Garsis (hijo del conde García) señor de Guadalajara sitiaba Medinaceli y se dirigió contra él», constando en la documentación que Fernando García fue señor de dicha ciudad durante los años 1107 y 1110.
[2] Otro argumento que apoya dicha filiación es el hecho que tuvo un hermano, quien sería hijo ilegítimo, llamado Fernando García el Menor quien figura en la documentación con el apodo «Pellica» que parece significar «bastardo», derivado de «pellicatus», o sea, adulterio.
[a] Según Salazar y Acha, era una típica costumbre de la dinastía pamplonesa el poner a dos hermanos, uno legítimo y otro bastardo, el mismo nombre, lo cual apoya aún más su hipótesis sobre la filiación de Fernando García de Hita.
En esta donación de arras, Fernando García explica que como había adquirido las propiedades con su primera esposa, a los hijos habidos de su primer matrimonio les correspondía la mitad de las tierras y, por consiguiente, él donaba a su esposa Estefanía la otra mitad.