Baquedano tomó parte en el movimiento por la independencia desde el principio, y durante la guerra de la Independencia de Chile que sirvió a las órdenes tanto José Miguel Carrera y Bernardo O'Higgins en el Sitio de Chillán, y las batallas de El Roble, Quirihue y Cauquenes en 1813, Gomero, Alto del Quilo, Paso del Maule, Tres Montes y Quechereguas en 1814.
Después de la derrota de Rancagua se vio obligado, junto con otros patriotas, a emigrar a Mendoza, Argentina.
Durante la guerra civil chilena de 1829 que sirvió bajo las banderas del General José Joaquín Prieto, y luchó en las batallas de Ochagavía en 1829 y Lircay en 1830.
[2] En la Revolución Chilena de 1851, él era el jefe de Estado Mayor del ejército rebelde General José María de la Cruz, mientras que las tropas del gobierno estaban bajo el mando del General Manuel Bulnes, entre los cuales su hijo, Manuel Baquedano, fue ayudante personal.
Posteriormente fue indultado por el presidente Manuel Montt y reincorporado al servicio.