En 1915 combatió en la Revolución Mexicana, en las fuerzas de Emiliano Zapata en Morelos.

Perteneció a la Confederación Regional Obrera Mexicana (CROM) hasta romper con el líder de dicha organización, Luis N. Morones, junto con Fidel Velázquez, Alfonso Sánchez Madariaga, Jesús Yurén Aguilar y Luis Quintero, quienes formato el grupo denominado «los cinco lobitos» en 1929.

Fernando Amilpa fue el tercer secretario general de dicha central, elegido para el periodo de 1947 a 1950 tras Lombardo Toledano y Fidel Velázquez; Velázquez sería nuevamente elegido como su sucesor en 1950 y sería sucesivamente reelegido en el cargo hasta su muerte en 1997.

Fue elegido en primera ocasión al cargo de diputado federal, en representación del Distrito 7 del Distrito Federal en la XXXVII Legislatura de 1937 a 1940 y en donde fue vicepresidente y secretario de la Gran Comisión.

En 1945 había buscando la candidatura del PRI a Gobernador de Morelos, pero fue obtenida por Ernesto Escobar Muñoz.