En junio de 1820 fue tomado prisionero junto a Ramón Alvarado durante los combates sostenidos contra el general realista Pedro Antonio Olañeta y liberado luego del armisticio.

Posteriormente fue nombrado coronel por el general Juan Antonio Álvarez de Arenales a quien acompañó en su campaña al Alto Perú de 1825, tras lo cual se reintegró a sus funciones administrativas hasta 1826.

Pese a un primer choque en Monterrico favorable a los salteños, las fuerzas jujeñas aumentaron sus efectivos por lo que el 1 de diciembre Latorre fue derrocado y designado gobernador provisorio José María Saravia.

El gobernador delegado en Jujuy Roque Alvarado reprobó las medidas adoptadas en Salta por Fascio, quien abandonado por todas las facciones se vio forzado a renunciar.

Quintana aceptó el cargo por el término de un mes, considerado suficiente para que se aprobara el Estatuto Provincial y designara un gobernador propietario según el procedimiento que se estableciera.

El 7 de mayo la Legislatura trató su renuncia al cargo resolviendo no aceptarla.

Quintana, de antecedentes unitarios y antiguo emigrado, se encontraba rodeado de provincias controladas por gobiernos federales, sobre las cuales el gobernador tucumano Heredia pretendía ejercer su hegemonía.

Heredia imputaba a Quintana negligencia sospechosa en sus funciones de gobierno por no haber sido capaz de impedir la entrada desde Bolivia del general unitario Javier López.

En junio y julio los gobernadores de Salta y Jujuy informaban a Heredia acerca de los preparativos que efectuaba en Tupiza el general Javier López para invadir Tucumán.