Según el retrato de Santiago Lagunas, Fermín Aguayo era «inteligente, dotado para el color y la forma».

Llegó a Zaragoza cuando finalizaba la Guerra Civil, tras ser fusilado su padre y sus dos hermanos mayores por el bando franquista.

En 1943 consiguió un trabajo como delineante en la Escuela Técnica de Maquinaria y Fundiciones del Ebro, donde conoció a Eloy Giménez Laguardia (también delineante), quien junto a Santiago Lagunas y el propio Aguayo formarían el núcleo más estable del Grupo Pórtico, pionero en el desarrollo de la pintura abstracta española.

Hacia 1946 frecuentó la tertulia del café Niké donde se reunía un grupo de artistas e intelectuales zaragozanos encabezados por Miguel Labordeta.

En París en 1954 fue contratado por Jean-François Jaeger de la galería Jeanne Bucher como pintor profesional con un sueldo mensual, lo que le dio gran estabilidad en su labor pictórica, que evolucionó hacia un figurativismo esencial, intimista y poético.