[2]​ En 1852, Felipe Pérez fue designado Secretario de la Legación del gobierno de Nueva Granada ante Ecuador, Perú, Bolivia y Chile; su jefe fue Manuel Ancízar.

Su fallecimiento fue opacado por la prensa gobiernista conservadora, pero se generó una gran manifestación de estudiantes universitarios que acompañó su féretro.

Su oficio como escritor principia con sus experiencias diplomáticas en 1852, pues producto de ellas escribe los ensayos Análisis político, social y económico de la República del Ecuador y Bosquejo de las revoluciones peruanas, así como las novelas Atahualpa, Los Pizarros, Huayna Capac, Jilma, Tupac Amaru, Los pecados sociales y los dramas Gonzalo Pizarro y Las tres reinas.

Entre sus novelas no históricas se destacan Estela, Irma, Sara, La muerte del gato, Los dos Juanes, Samuel Selibht, El bosquecillo de álamos, El profesor de Gotinga, Isabel y Carlota.

Pese a que la obra recibió algunas críticas por no tener Pérez formación de ingeniero o haber participado en la Comisión, se reconoció posteriormente la buena calidad del trabajo logrado.