Según el acuerdo suscrito con el Estado desde 1992 como confesión de notorio arraigo, la FCJE representa oficialmente a las comunidades judías ante las instituciones oficiales nacionales e internacionales a la Comunidad Judía española.
Las Comunidades Judías comenzaron a organizarse en Ceuta y Melilla en el siglo XIX, y en La España peninsular en los años de la Primera Guerra Mundial, aunque la vida judía en Sevilla, Madrid y Barcelona existía desde el último tercio del siglo XIX, celebrándose el culto de las festividades religiosas en domicilios particulares.
El primer gobierno franquista cerró las sinagogas e ilegalizó a las comunidades judías en la Península (no en Ceuta ni en Melilla, y por supuesto no en el Protectorado de España en Marruecos) hasta el final de la Segunda Guerra Mundial.
A la Federación se fueron incorporando las distintas comunidades judías del país.
Inicialmente la representación máxima de la Federación la ostentaba el Secretario General hasta que veinte años después, en el 2002, se cambiaron los estatutos para pasar a un régimen presidencialista.