Se desconoce la fecha exacta en la que Farnabazo sucedió a su padre en el gobierno de la satrapía.

En efecto, durante la guerra del Peloponeso, Esparta comprendió que nunca derrotaría a Atenas mientras ésta dominara el mar.

Se reinició, pues, la guerra en el año 399 a. C. Las ciudades griegas solicitaron ayuda de Esparta y tras el fracaso de la diplomacia, Esparta envió un contingente con Tibrón al mando que marchó contra la Frigia helespóntica.

En Esparta, subió al trono Agesilao II, quien decidió proseguir la guerra en Asia Menor.

Sin embargo, Agesilao entró en Caria y posteriormente marchó hacia al este alimentando sus sueños imperialistas.

Farnabazo, ya sin enemigo en Asia Menor, conquistó con Conón las islas de Melos y Citera.

Este tratado significó que las ciudades griegas de Jonia volvían a jurisdicción persa.

La satrapía de la Frigia helespóntica quedó en manos de su hijo Ariobarzanes ya que a él se le encomendó un honor mayor: junto con Titraustes debía recuperar Egipto, territorio que hasta hacía poco formaba parte del imperio.

Las dos primeras expediciones en 385 a. C. y 383 a. C. fracasaron, en parte porque el faraón usó mercenarios griegos en su defensa.