En el puerto de Issos, la flota de Ciro se reunió con el ejército aportando el último contingente mercenario, hasta un total de 10 400 hoplitas y 2500 peltastas, a los que se unieron en la marcha, 700 hoplitas espartanos enviados por Esparta (no eran mercenarios alistados) y 400 griegos que desertaron del ejército persa.

Avistada la posición del Gran Rey, Ciro cargó con 600 jinetes llegando a herir levemente a su hermano con su lanza, pero acabó sucumbiendo ante la superioridad numérica del ejército de Artajerjes, siendo derribado y muerto.

Los persas de Artajerjes saquearon a placer el campamento enemigo hasta que allí llegó Tisafernes, quien con una hábil maniobra con su caballería había logrado rebasar las líneas de los griegos mercenarios para huir.

Al volver ya estos sobre sus pasos en dirección al campamento, vieron lo que tramaba Artajerjes y volvieron a la carga, cundiendo el pánico por segunda vez entre las líneas persas, dándose de nuevo a la fuga.

La persecución duró hasta la noche, momento en que los griegos se retiraron al campamento, dándose por finalizada la batalla.

Sin embargo, a efectos prácticos, Ciro fracasó en su intento de rebelión y Artajerjes pudo conservar el trono.