Previniendo que la guerra civil llegaría pronto a Panamá, el 3 de enero de 1900 fue reemplazado por el general José María Campo Serrano, quien impuso un gobierno militar.

Mutis Durán intentó conciliar con los miembros del Partido Liberal, principales derrotados en la guerra civil, pero estuvo fuera de su alcance.

En 1904, Mutis Durán fue convocado por el presidente de Panamá Manuel Amador Guerrero para elaborar el Código Civil del nuevo país, labor que completó pero que no llegó a ser ejecutado.

[5]​ Fue autor del ensayo biográfico Don Sinforoso Mutis, en homenaje a Sinforoso Mutis Consuegra publicado en 1912.

Puerto Mutis, ubicado en el distrito de Montijo, tomó ese nombre porque fue construido en 1898 durante su gestión como gobernador.