Con edad de 5.ª división, pasa al Club Atlético Banfield, institución en la que debuta en el año 2012.
[2] En 2018 es cedido a Club Estudiantes de La Plata donde cumple 2 etapas (2018/2021-2022), jugando 100 partidos y marcando 9 goles.
Entre ambas etapas, en 2019 juega una ronda en Club Gimnàstic de Tarragona y en la temporada siguiente en Sociedad Deportiva Ponferradina.
Debutó en la Primera del Club Atlético Banfield en el Torneo de la B Nacional 2012/2013, en el equipo dirigido por Daniel Garnero contra Gimnasia de Jujuy, en la postergada fecha 1 del certamen, marcando su primer gol oficial en ese encuentro.
Es un defensor de gran técnica, con muy buena salida y, dada su altura, excelente juego aéreo en ambas áreas.
Ya en la siguiente temporada, el objetivo principal del Club Atlético Banfield era el de ir en búsqueda del retorno a la máxima categoría, con Matías Almeyda como DT, quién había llegado al cargo sobre el final de la temporada anterior.
La racha negativa se cortó en la fecha 18, en la visita a Villa San Carlos, con un contundente 3-0, donde Noguera abrió la cuenta con una nueva conquista de cabeza.
[11] En el comienzo de la segunda ronda, Banfield tuvo una dura prueba ante Club Almirante Brown, equipo que lo sorprendió sobre el inicio del encuentro.
Ante esta situación, el jugador decidió no renovar su contrato, a la espera de lo prometido.
Noguera, separado del plantel profesional desde octubre de 2015, no viajó a la pretemporada y se entrenó con las divisiones inferiores.
En ese momento, tuvo sondeos para sumarse a River Plate[26] y un interés muy fuerte del Club Social y Deportivo Colo-Colo,[27] quien intentó negociar hasta instantes antes de que cierre el libro de pases en Chile.
Hasta que apareció el Santos Futebol Clube dispuesto a llevarse al jugador, para disputar el Campeonato Paulista 2016.
Además, debutó en los torneos internacionales al disputar la Copa Libertadores 2017 donde llegó hasta cuartos de final, siendo eliminados por Barcelona Sporting Club.
La operación se realizó sin cargo y el contrato contemplaba una opción de compra.
[46][47] En la última fecha del Campeonato de Primera División 2021, Estudiantes pierde 3 a 2 con Aldosivi en el Estadio UNO.
Fabián Noguera convierte a los 84 minutos el gol del descuento parcial para su equipo.
Ya en 2022, se afianza conformando una gran dupla central con Agustín Rogel participando con buenas actuaciones en las principales competencias que afronta el club, cayendo por penales en cuartos de final de Copa de la Liga Profesional 2022 frente a Asociación Atlética Argentinos Juniors[48] y en la misma instancia por Copa Libertadores 2022 ante Club Athletico Paranaense.
En el torneo Apertura lleva disputados 13 partidos, todos como titular, habiendo debutado en la red con un gol de cabeza en la goleada por 4-0 ante Fénix mientras que en Copa Libertadores 2023 lleva jugados 3 partidos, habiendo marcado el agónico gol del triunfo por 2-1 frente a Deportivo Independiente Medellín en la segunda fecha y el empate, también sobre la hora, frente a Sport Club Internacional en Porto Alegre.