Fabián inició su carrera futbolística en el Atlético Huila en el año 2004, siendo figura en el esquema táctico buscado por Bernardo Redín.
En el 2007 se recupera de la lesión para jugar en el equipo y llegar al subcampeonato del Torneo Apertura colombiano con el Atlético Huila.
Regresa al siguiente torneo el cual tuvo un mejor desempeño individualmente, aunque su equipo no vivía lo mismo quedando así en el puesto 17.
Para el Torneo Finalización Fabián se probó en el Independiente Medellín,[4] en donde no cumplió las expectativas del entrenador Leonel Álvarez.
[6] Seis meses más tarde, en enero de 2010, regresa a Colombia para jugar con el Deportivo Pereira.