El valor estratégico y comercial de la exploración del Pacífico, tanto por su riqueza en ballenas y pieles, como por ser una ruta comercial hacia el Oriente, ya había quedado establecido en varios expediciones de exploración, en particular los tres viajes que realizó James Cook (1728-1779).
Rusia era también una parte interesada, debido a su presencia comercial en la costa de Alaska y sus reclamaciones se extendían hasta California, siendo la principal razón por la que los españoles intentaron consolidar sus posesiones en la zona.
Aunque ahora se sabe que las afirmaciones de Meares sobre las pérdidas eran un poco exageradas, Gran Bretaña había derrotada recientemente a España en guerra y parecía estar lista para otra oportunidad.
El Parlamento preparó la flota en la crisis de Nutca,[2] y Roberts y Vancouver dejaron el HMS Discovery para servir en la flota del Canal (Channel Fleet) mientras que el HMS Discovery se convirtió en un barco de apoyo para transportar a las víctimas del alistamiento.
De acuerdo con sus órdenes,[4] iba «a recuperar en forma de restitución los territorios en que los españoles se habían asentado, y también para hacer un estudio exacto de la costa, desde el grado 30º de latitud norte al noroeste hacia el río Cook; y, además, obtener todas las informaciones posibles que pudieran recoger respetando el estado natural y político de esa región» [«to receive back in form a restitution of the territories on which the Spaniards had seized, and also to make an accurate survey of the coast, from the 30th degree of north latitude northwestward toward Cook's River; and further, to obtain every possible information that could be collected respecting the natural and political state of that country»].
Estas exploraciones eran en parte descubrir la comunicaciones navegables en el interior de América del Norte (ya fuese el paso del Noroeste o, más probablemente, ríos navegables), y facilitar las investigaciones botánicas de Archibald Menzies, un naturalista y cirujano que acompañaba la expedición que estaba muy bien relacionado políticamente .
Tras el motín del Bounty (1789), el Almirantazgo había adoptado la precaución de que los buques británicos no hicieran largos viajes solos; por ello, armaron un segundo barco, el HMS Chatham, comandado por el teniente William Robert Broughton, y lo asignaron a la expedición.
Entre los supernumerarios estaba Menzies (que llevaría un meticuloso diario de la expedición[6]) y su sirviente John Ewin (o Ewing).
Por último, el embarque incluía el habitual en aquella época «Widow's Man», el hombre de la viuda, un marinero nominal inexistente cuya paga iba destinada a las viudas de los marinos que habían perdido la vida y que en su mayoría quedaban en la miseria.
Tras más botánica, socialización y contratación para reemplazar a los desertores, los barcos partieron nuevamente el 17 de agosto.
Hicieron escala en Tahití y Vancouver hizo cumplir la rígida disciplina para evitar las conexiones personales que habían llevado al motín del Bounty.
[8] Vancouver descubrió que la isla natal de Towereroo, Molokai, estaba sufriendo una hambruna.
Vancouver y Whidbey compartieron las tareas del astrónomo, lo que más tarde condujo a la fricción sobre la remuneración.
Según sus órdenes, colaboraron en la exploración y aprovisionamiento, pero no pudieron conciliar sus instrucciones contradictorias antes de que Quadra regresase a Monterrey, dejando al señor Fidalgo para fortificar el estrecho.
El capitán de otra nave comercial, la Jenny, preguntó a Vancouver si podía devolver dos niñas secuestradas en Hawái.
Whidbey en el HMS Daedelus cartografió el Grays Harbor mientras que los otros dos barcos afrontaban la barra del río Columbia.
Después de descansar y hacer un reaprovisionamiento, la expedición regresó a Hawái para pasar el invierno.
[8] Dejaron algo de ganado vacuno, ovino, y más plantas que habían sido embarcadas en California.
Se reunió con el navegante británico John Young, que actuó como intérprete y ayudó a negociar con Kamehameha I.
Se realizaron campañas de reconocimiento y Kamehameha quedó impresionado por el alcance del poder británico, mientras Menzies recolectaba más especímenes.
Durante el último invierno de la expedición en Hawái, Baker acompañó a Menzies, al guardiamarina George McKenzie y a otro hombre cuyo nombre no se conoce, en el primer ascenso del que se tiene constancia al Mauna Loa.
La expedición negoció con los asentamientos rusos, esquimales, tlingits y otros que vivían allí.
El HMS Daedelus fue enviado de vuelta a Inglaterra con el problemática Sr. Pitt, que había agotado su bienvenida con múltiples infracciones disciplinarias.
Por esa época, el teniente Broughton y el teniente Mudge, que habían salido de Inglaterra en el HMS Providence para ayudar a Vancouver, llegaron a Monterrey, poco después de que la expedición hubiese partido.
Decidiendo (correctamente) que Vancouver no habría dejado sin terminar su tarea topografía, se fueron a cartografiar la costa del este de Asia.
Baker llevó el HMS Discovery a casa, sano y salvo, y el 20 de octubre de 1795 llegaron a Long Reach, en el Támesis, completando una misión que les había ocupado durante cinco años.
La expedición regresó a una Gran Bretaña más interesada en la guerra en curso que en las exploraciones del Pacífico.
Vancouver no era rival para los poderosos que le enfrentaban, y, además, se estaba muriendo.