Uno de sus hermanos, William, se instaló en Edimburgo trabajando en el jardín botánico establecido por John Hope en la universidad de la ciudad, y Archibald se unió a él.

Allí recogió muestras botánicas que enviaba a sir Joseph Banks.

Un ejemplar de plantas que recolectó en Nueva Escocia, fue utilizado por Dawson Turner en su Fuci (1809).

Con las recomendaciones formuladas por Banks, Menzies fue contratado como cirujano a bordo del H.M.S.

Menzies continuó sirviendo en la Armada hasta 1802, año en que se retiró por sufrir de asma.