Juan Ruiz llegó a la Nueva España ―México― en 1816 e inició su Gobierno exigiendo que todos los insurgentes arrestados fueran sometidos a pena de muerte así se les fusilara sumariamente (como había ordenado su predecesor).
Volvieron a pelear contra los españoles en El Bajío y en Los Altos de Jalisco.
Finalmente regresaron a refugiarse en el Fuerte del Sombrero.
Sin alimentos, provisiones ni esperanza de recibir ayuda, los revolucionarios tuvieron que huir del fuerte.
Mientras tanto, Vicente Guerrero comenzó su lucha en el sur de México.