Estudio de asociación del genoma completo

Los GWAS suelen centrarse en asociaciones entre los polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs) y rasgos como las principales enfermedades.Por ejemplo, podemos contrastar cómo quizá se produce la aparición de uno o varios SNPs (variación de un solo par de bases) o una deleción, repetición, etc. en una secuencia del genoma siempre que aparece el mismo fenotipo, pudiendo así concluir que este cambio a nivel genético es probable que se corresponda con un rasgo.La estrategia sin hipótesis previa emplea métodos de "fuerza bruta" para escanear todo el genoma y posteriormente comprobar si algunos genes muestran esa asociación.Los estudios de asociación del genoma completo emplean generalmente la estrategia sin hipótesis previa.Estas son presumiblemente secuencias de ADN que controlan otros genes, pero normalmente su función proteica no se conoce.Aunque los estudios GWAS mayoritariamente se ha realizado para identificar SNPs asociados a enfermedades comunes, también podrían identificar variables genéticas asociadas a caracteres cuantitativos como la estatura o el intervalo QT cardiaco.Se estudian la mayoría de las SNPs conocidas y más comunes en todos los individuos.[10]​ Muchos estudios GWAS utilizan etapas que involucran diferentes diseños para minimizar el riego de falsos positivos.Una solución, en este caso, es el que se ha comentado anteriormente: incrementar el tamaño muestral, con el objetivo de detectar un mayor número de individuos con esas variantes poco frecuentes, sin embargo, esto no es sencillo; un ejemplo lo tenemos en los alelos que presentan una herencia recesiva y que en poblaciones de gran tamaño quedan "diluidos" entre los heterocigotos.Una segunda opción es realizar estos estudios en poblaciones aisladas genéticamente, donde es frecuente la endogamia y estos alelos raros verán incrementadas sus frecuencias y podrán ser más fácilmente detectados con una muestra de menor tamaño.También se han identificado nuevos genes implicados en taquicardia (CASQ2) o asociados a una alteración en la comunicación de cardiomiocitos (PKP2).En el año 2019, el Psychiatric Genomics Consortium (PGC) realizó un estudio que incluyó 29,764 pacientes con trastorno bipolar y 169,118 controles de ascendencia europea.Esto permite también mejorar los manuales para realizar un correcto diagnóstico diferenciando pacientes con obesidad o sobrepeso de los que padecen el TA.Posteriormente, realizaron un meta-análisis en gene-set (MAGMA) para evaluar la asociación entre conjuntos de genes y los rasgos fenotípicos implicados, con el que identificaron también el locus de APOE, gen con implicaciones conocidas en enfermedades cardiovasculares, metabólicas y neurodegenerativas como el Alzheimer.[18]​ Asimismo, otro estudio reciente asoció la presencia del SNP rs10824307, cercano al locus LRMDA, con el desarrollo de diabetes leve asociada a obesidad.[19]​ Numerosos estudios GWAS también se han llevado a cabo en el campo de la dislexia con el objetivo de identificar marcadores genéticos convincentes que puedan ser utilizados tanto para el diagnóstico como para poder comprender los mecanismos biológicos subyacentes a esta condición.Así pudieron encontrar, entre otros, una variante en el gen APOA5 (Arg282Ser) que se asociaba a menores niveles de triglicéridos en el suero de sus portadores, lo que sugiere un posible papel protector frente a enfermedades cardiovasculares.[21]​ Otro ejemplo sería el Proyecto UK10K (10.000 genomas de Reino Unido), en el que se combinan estudios WGS (Secuenciación del Genoma Completo) y GWAS para intentar identificar variantes genéticas raras o poco frecuentes relacionadas con problemas como la obesidad, el autismo, la esquizofrenia o algunas enfermedades raras.Gracias a este tipo de análisis genómico se han identificado 60 loci que están relacionados, y ha permitido concluir que existe una fuerte correlación entre bajo peso al nacer y la probabilidad de padecer enfermedades metabólicas en el adulto.Mediante GWAS también se pueden estudiar genes que pueden estar relacionados con el comportamiento humano reproductivo, mediante la identificación de determinados loci que influyen en la actitud de las personas en referencia a la reproducción.Por todo ello, estos resultados obtenidos en este estudio GWAS sugieren nuevos genes prometedores sobre los que realizar futuros experimentos, desarrollar fármacos o estratificar pacientes.Este estudio tenía como objetivo examinar la arquitectura genética de la ansiedad y sus síntomas.