Al ser elegido ocupaba como obispo la diócesis de Anagni por nombramiento del papa Formoso, y tras su elección ordenó exhumar el cadáver de este para someterlo a juicio en un concilio que reunió a tal fin y que ha pasado a la historia como el “Concilio cadavérico” o “Sínodo del terror”.

En un principio demostró este papa que aprobaba la conducta seguida por Formoso al coronar a Arnulfo de Alemania, pues también él le reconoció emperador en una bula que cita Muratori.

Encontrado culpable se declaró inválida su elección como Papa y se anularon todas los actos y ordenaciones de su papado, lo que le permitió a Esteban VI no poder ser acusado del mismo cargo que Formoso ya que, al declararse nula su ordenación como obispo, no infringió la norma que le impedía ocupar la diócesis de Roma.

A continuación se despojó el cadáver de sus vestiduras, se le arrancaron de la mano los tres dedos con la que los latinos acostumbran a bendecir, luego fue arrastrado por las calles de Roma y entre los aullidos del populacho fue arrojado al río Tíber tras ser quemado.

Un terremoto que dañó Letrán fue interpretado como castigo divino y el pueblo romano indignado prendió a Esteban VI en dicho palacio para posteriormente estrangularlo el 14 de agosto de 897.