El mariscal Santa Cruz, tomando en cuenta las sublevaciones, renuncia a la presidencia el 20 de febrero, dejando en sucesión presidencial al Dr. Calvo, sin tomar en cuenta su abandono.

También eliminaba la presidencia vitalicia y reducía el mandato presidencial a periodos renovables de cuatro años.

El Congreso accedió a su pedido y le autorizó para nombrar a los integrantes de un Congreso de plenipotenciarios peruanos y bolivianos, cuya sede sería elegida por el mismo Santa Cruz, en donde se fijarían las bases administrativas de la Confederación, las cuales serían sometidas a su aprobación al Congreso ordinario boliviano.

Se embarcó en Islay, en la fragata inglesa Sammarang, rumbo al Ecuador.

Así finalizó su gobierno como protector del estado binacional peruano y el boliviano.

El Estado Boliviano estaba subdividido en siete departamentos y una provincia autónoma: En 1838, tras la victoria de la Confederación Perú-Boliviana sobre la Confederación Argentina, Santa Cruz anexó al Estado Boliviano, parte del territorio argentino de Salta y Jujuy, en el que se hallan las poblaciones de Santa Catalina, Yavi, Santa Victoria, Cangrejillos, El Pueso, Abra Pampa, Cochinoca, Pastos Chicos, y otras.

Lo puso bajo dependencia del Departamento de Tarija y designó autoridades bolivianas, entre las que se sucedieron Timoteo Raña, Sebastián Agreda y Bernardo Trigo.

Sin embargo, durante el gobierno crucista (1835-1839), la capital boliviana estuvo albergada en La Paz, y extraordinariamente durante diez días en el mes de junio de 1836 se goberno desde Tapacarí.

Calvo gobernó Bolivia como vicepresidente por más de dos años y medio.