Históricamente, Castejón de Ebro ha constituido un importante nudo ferroviario de la red, en el que se llegaron a bifurcar hasta tres líneas férreas: Casetas-Bilbao, Castejón-Alsasua y Torralba-Castejón.

También en ese mismo año se puso en funcionamiento el trazado Castejón-Soria, línea de vía única, sin electrificar que pretendía acortar los trayectos entre Madrid y Pamplona.

Posee cinco andenes, dos a cada lado del edificio y otros tres centrales.

El complejo ferroviario cuenta además, con unas veinte vías, muchas de ellas muertas.

El tráfico de Media Distancia con parada en la estación tiene como principales destinos Zaragoza, Logroño, Vitoria y Pamplona.